使用“Format”命令来消灭硬盘中的病毒无疑是在浪费时间，发现病毒时，应当用反病毒软件的杀毒功能将病毒从被感染的文件中删除掉。大多数情况下，被病毒感染的文件并不多，最有效的方法是首先删除病毒，然后用备份文件或原始安装光盘中的文件替换被破坏的文件。
格式化将彻底删除所有操作系统文件、应用程序文件和数据文件，这意味着你将不得不从零开始重新安装它们，在只有很少几个文件受病毒感染的情况下，这将导致不必要的大工作量。如果病毒攻击了主引导记录（MBR），并修改或移动了硬盘的一个扇区中的分区或MBR数据，那么，格式化将不起作用。对于MBR感染，可以使用Fdisk/MBR命令来覆盖MBR（如果你的反病毒软件无法删除病毒病修复MBR）。
只有当损坏程度非常大，以至于从最新备份中恢复重要数据时更容易的方法时，才应当重新分区和重新格式化硬盘（分别使用FDisk和Format命令）。如果你还没有备份过重要数据（例如，Microsoft Money文件），请立即开始备份。